Tạ Văn Phụng sinh tại huyện Thọ Xương, thuộc Hà Nội, trong một gia đình theo Thiên Chúa giáo. Trước đây, ông được một giáo sĩ đưa đi nuôi dạy ở nước ngoài, sau lại theo đoàn quân viễn chinh Pháp về đánh Quảng Nam.[4] Đến tháng chạp năm Quý Dậu (1861) thì ông ra Bắc Kỳ tự xưng mình là Lê Duy Minh, thuộc dòng dõi nhà Lê (mạo nhận là hậu duệ vua Lê Trang Tông) để làm cuộc lật đổ nhà Nguyễn.

Khởi binh chống nhà Nguyễn

Sách Quốc triều sử toát yếu chép:

Tháng 12 năm Quý Dậu, tỉnh Quảng Yên nổi giặc biển. Cố đạo Trường làm chủ mưu giặc, tôn Tạ Văn Phụng làm Minh chúa; Văn Phụng mạo xưng con cháu nhà Lê tên là Lê Duy Minh; bọn tên Ước, tên Độ làm tướng giặc; sau hiệp với các thổ phỉ tỉnh Hải Dương, Bắc Ninh, Sơn Tây, Thái Nguyên, Tuyên Quang, Thanh Hóa, Nghệ An; lại thông với giặc Cổ phỉ Tàu. Chúng nó tụ hội ở các phần biển châu Tiên Yên phủ Hải Ninh,...mà giặc ấy ngày càng nhiều...[5]

Theo sử liệu thì chỉ trong thời gian ngắn Tạ Văn Phụng đã chiêu mộ được một đạo quân đông đảo, mà đa phần là những người dân đói khổ lưu vong[6], cùng nổi dậy tại đất Quảng Yên [7] rồi kéo nhau đi đánh phá các nơi.

Lo ngại, tháng giêng năm Nhâm Tuất (1862), vua Tự Đức sai Tổng đốc Định An [8]Nguyễn Đình Tân sung chức Hải Yên [9] Kinh lược Đại thần, Nguyễn Tư Giản làm Tham tán quân vụ, nhưng chỉ được ít lâu thì bị cách, vì không làm tròn nhiệm vụ. Lúc bấy giờ, Tạ Văn Phụng đã làm chủ được vùng Hải Ninh (thuộc Quảng Yên).

Tháng 3 (âm lịch) năm ấy, Cai Vàng ở Bắc Ninh cũng lấy danh phù Lê (tôn Lê Duy Uẩn làm minh chủ) để làm cuộc nổi dậy. Sau đó, Tạ Văn Phụng và Cai Vàng liền hợp tác với nhau để tăng thanh thế.

Tháng 5 (âm lịch), sau khi đã đánh chiếm phủ Hải Ninh, Tạ Văn Phụng bèn cho quân bao vây và uy hiếp thành tỉnh Hải Dương. Theo sách Lịch sử Việt Nam (1427-1858), thì trong khoảng thời gian này, Tạ Văn Phụng có cử người vào Nam Kỳ nhờ tướng Bonard trợ lực, với lời hứa hẹn rằng sẽ lập một vương quốc Công giáo dưới quyền Pháp bảo hộ sau khi đánh đổ được nhà Nguyễn. Nhưng vì trong ấy phong trào kháng chiến đang tăng mạnh, và việc hòa ước với triều đình Huế cũng sắp xong, cho nên viên tướng này đã không thuận.[10]

Nhận tin báo nguy, vua Tự Đức liền cử Thượng thư bộ Hộ Trương Quốc Dụng làm Thống đốc Hải An quân vụ Đại thần, Thị lang bộ Hộ Phan Tam Tỉnh làm Hộ lý tổng đốc, Chưởng vệ Đặng Hạnh, Lê Xuân đều sung chức Đề đốc, rồi đem lính ở Huế và ở Thanh Nghệ đi đánh quân Tạ Văn Phụng.Tiếp theo, nhà vua lại điều thêm Kinh lý đại thần Đào Trí đang làm nhiệm vụ ở Trung Kỳ ra làm Tham tán quân thứ Hải Yên.

Tháng 6 (âm lịch), nhà vua lại truyền cho Nguyễn Bá Nghi từ quân thứ Bình Thuận về lãnh chức Tổng đốc Sơn Hưng Tuyên.

Tháng 7 (âm lịch), các tướng là Trương Quốc Dụng, Đào Trí, Phan Tham Tĩnh từ Hưng Yên dẫn quân qua lấy lại được phủ Bình Giang và giải vây cho tỉnh thành Hải Dương.

Tháng 11 (âm lịch), đạo quân thứ tỉnh Đông (Hải Dương) lại đụng độ với quân Tạ Văn Phụng tại phủ Nam Sách và phủ Kinh Môn (đều thuộc tỉnh Hải Dương). Quân triều thắng trận liền kéo thẳng đến tỉnh thành Quảng Yên, đuổi quân Tạ Văn Phụng chạy ra Đồ Sơn, Cát Bà.

Tháng 3 năm Quý Hợi (1863), Phó đề đốc Vũ Tảo đánh lấy lại thành Tuyên Quang và bắt sống được Lê Duy Uẩn (minh chủ của quân Cai Vàng).

Tháng 5 (âm lịch) năm ấy, vua Tự Đức điều động Nguyễn Tri Phương sang làm Tổng thống Hải Yên quân vụ, đổi Trương Quốc Dụng làm Hiệp thống để cùng hiệp lực đi đánh dẹp. Ngay sau đó, Hải Yên thủy đạo Thống chế Lê Quang Tiến đánh đuổi được quân Tạ Văn Phụng tại tổng Hà Nam[11] thuộc tỉnh Quảng Yên.

Sau lần thua trên, tháng 9 (âm lịch), Tạ Văn Phụng quyết định thay đổi chiến lược. Ông cho tập hợp toàn bộ lực lượng lại, gồm khoảng 500 chiến thuyền, từ Cát Bà và Đồ Sơn tiến thẳng vào kinh đô Huế. Theo Phạm Văn Sơn thì Tạ Văn Phụng cho rằng quân lực của triều đình đã chuyển hết ra Bắc Kỳ và Nam Kỳ. Ở đấy quân đơn tướng ít mà bị đánh úp dễ bị mất như chơi. Nhưng chẳng may kế hoạch này không thành vì binh thuyền của Phụng bị bão tan vỡ gần hết.[12]

Đề đốc Lê Quang Tiến và Tuần phủ Bùi Huy Phan bắt được tin ấy vội đem quân ra định tiêu diệt nốt, không ngờ quân của Tạ Văn Phụng tuy không còn khả năng tấn công Huế, nhưng vẫn còn đủ sức đánh tập hậu, khiến quân triều bị thua đậm. Thất bại, cả hai võ quan trên đều nhảy xuống biển tự tận.

Tháng 6 năm Giáp Tý (1864), đạo quân thứ Hải Yên lại tổ chức tấn công quân Tạ Văn Phụng ở tại La Khê, tổng Hà Bắc[13]. Lần này, quân triều bị thua to, biền binh bị thương và thất lạc rất nhiều. Các tướng nhà Nguyễn là Hiệp thống Trương Quốc Dụng, Tán lý Văn Đức Khuê (Văn Đức Giai), Tán tương Trần Huy Sách đều tử trận. Riêng Chưởng vệ Hồ Thiện bị bắt sống, nhưng sau đó cũng bị giết chết. Nhận được tin đại bại, vua Tự Đức liền sai người đi "thuê tàu khách đánh giặc" (tức tàu của hải quân nhà Thanh).

Sách Quốc triều sử toát yếu chép:

...Tháng 7, Ngài (Tự Đức) sai Thị lang bộ Hộ Trịnh Lý Hanh qua quân thứ Hải Yên, hội đồng với quan quân thứ thuê tàu khách đánh giặc [14].

Tháng 4 năm Ất Sửu (1865), Tạ Văn Phụng đem hơn 300 chiến thuyền từ đảo Phù Long,[15] quần đảo Cát Bà, chia làm ba đạo đến quấy phá ở mạn Hải Dương. Tướng Nguyễn Tri Phương khiến Nguyễn Văn Vĩ đốc thuyền đến đánh, bắt sống và chém nhiều quân nổi dậy. Cũng trong tháng này, quân Tạ Văn Phụng lại tràn vào sông Võ Định xứ Lang Thâm thuộc tỉnh Hải Dương, dùng kế hỏa công đánh tan tác đạo quân thủy ở nơi sông Cấm, bắt sống được Thống chế Nguyễn Doãn rồi giết chết. Hay tin, tướng Nguyễn Tri Phương liền đốc lính bộ tới đánh đuổi.

Sức cùng lực kiệt

Tháng 5 (âm lịch) năm Ất Sửu (1865), Tạ Văn Phụng lại đem quân tấn công đồn Quỳnh Lâu và An Trì thuộc Quảng Yên.[16] Tán lý Đặng Trần Chuyên đánh đuổi được. Đốc binh là Ông Ích Khiêm lại đánh được quân nổi dậy tại khe Vị Dương.[17] Đề đốc Mai Thiện chia quân đến các xứ Hạ Đoan, Lang Thâm,[18] đánh hơn 10 trận lớn nhỏ đều thắng.

Sau khi bị đánh thua ở nhiều nơi, Tạ Văn Phụng buộc phải cho quân lui về giữ Hải Ninh. Đến tháng 6 (âm lịch) năm ấy, quân Tạ Văn Phụng bị các tướng là Nguyễn Tri Phương, Phạm Chi Hương, Nguyễn Văn Vĩ, Mai Thiện cầm quân thủy bộ đến vây đánh.

Tiếp đó (tháng 7 âm lịch), khoảng trăm chiếc tàu của Tạ Văn Phụng đang neo đậu tại sông Thác Hàn ngoài thành Hải Ninh, cũng bị Đốc binh Ông Ích Khiêm và Phó vệ úy Phan Đình Thảo hiệp đồng với quan nhà Thanh ở Khâm Châu là Lý Văn Yên đến đánh. Trận diễn ra vào buổi tối, đến sáng thì quân triều lấy lại được thành Hải Ninh, đuổi đoàn tàu chiến (ước chừng 70, 80 chiếc) của quân nổi dậy chạy đến vũng Ngọc Sơn (làng Trà Cổ, nay thuộc phường Bình Ngọc, Móng Cái). Bị truy đuổi, Tạ Văn Phụng cùng tùy tướng tên là Ước (không rõ họ) lại đem đoàn thuyền chạy vào tới vùng biển Thanh Hóa, Nghệ An.

Bị bắt và bị xử chết

Tháng 8 (âm lịch) năm Ất Sửu (1865), đạo quân thứ Hải Yên do Nguyễn Tri Phương chỉ huy lại truy đuổi một đội tàu của Tạ Văn Phụng tại sông Gia Luận thuộc xứ Hà Lai.[19] Tại đây, ông sai Tri huyện Nghiêu Phong là Nguyễn Hữu Thuận đem binh thuyền đi thăm dò địa phận sông, thì chợt gặp thuyền Đô thống Hậu quân của quân nổi dậy là Phạm Văn Khương và Oánh (không rõ họ) nên hô quân bắt được. Sau đó, ông Oánh bị giết ngay, còn ông Khương thì bị nhốt cũi giải về Kinh đô Huế.

Sang tháng sau (tháng 9 âm lịch), thì đoàn thuyền Tạ Văn Phụng bị "bang thuyền nước Tàu"[20] đánh tan ở ngoài Hải Ninh và hòn Thảo Dự ở Quảng Bình. Đến lúc ấy quân nổi dậy, người thì phải bắt, người thì chạy trốn được. Phần Tạ Văn Phụng và tùy tướng tên là Ước, sau đó cũng bị bắt sống giải về Huế.

Tháng 10 năm 1865, Tạ Văn Phụng bị xử lăng trì.[21]